北交所与沪深交易所的核心区别在于市场定位的截然不同，这直接决定了它们在整个中国资本市场中扮演的角色。北京证券交易所自诞生之初，就明确聚焦于服务更早、更小、更新的创新型中小企业，特别是那些具有专精特新特质的企业，其设立的核心目的是为这类处于成长初期的企业提供关键的融资平台。上海证券交易所和深圳证券交易所的服务对象更为广泛和成熟，上交所主板主要服务于大型企业、国企央企，深交所则涵盖了从主板到创业板的多元层次，服务于成熟的民营企业以及高新技术企业。这种定位差异是中国构建多层次资本市场、实现错位发展与功能互补的关键设计，北交所更像是专为潜力中小企业打造的孵化器与成长摇篮，而沪深交易所则承载着服务国民经济主力军和推动科技创新的综合功能。
这种差异化的定位直接外化为对投资者截然不同的准入要求。参与北交所交易有着较高的资金和经验门槛，个人投资者需要满足申请权限开通前20个交易日证券账户和资金账户内的资产日均不低于人民币50万元，并且具备2年以上的证券投资经验。这一门槛与科创板类似，但远高于沪深交易所主板市场，后者对投资者几乎没有资产要求。这种制度安排将北交所塑造成为一个以机构投资者为主的市场，因为机构投资者通常具备更强的风险识别和承受能力，这与北交所服务的中小企业高成长、高收益、高风险的特征更为匹配。而沪深交易所，尤其是主板市场，投资者结构则更加多元化，散户参与者占比较高。
两者的规则设计也体现了对市场波动性和流动性的不同考量。最显著的差异体现在涨跌幅限制上，北交所股票的涨跌幅限制为30%，上市首日则不设涨跌幅限制。沪深主板股票的涨跌幅限制为10%，科创板和创业板为20%。更宽的波动区间赋予了北交所市场更大的价格弹性，但也意味着更高的潜在波动风险。在交易单位上，北交所允许更灵活的操作，单笔申报不低于100股，之后可以1股为单位递增；而沪深交易所（除科创板最低200股外）通常要求以100股或其整数倍进行交易。在临时停牌机制上，北交所针对不设涨跌幅限制的股票（如上市首日），设置了盘中成交价格较开盘价首次上涨或下跌达到30%、60%时，各停牌10分钟的冷静期机制。
北交所与沪深交易所的体系关联性存在根本不同。北交所的上市公司主要来源于全国中小企业股份转让系统（新三板）的创新层，企业需要先在新三板创新层挂牌满12个月，才能申请在北交所上市。这形成了一种层层递进的市场结构：新三板基础层、创新层与北交所之间实现了互联互通。北交所还建立了向沪深交易所科创板或创业板的转板机制，优质企业可以进一步发展壮大后实现升级。而在退市环节，北交所的退市公司若符合条件，可退至新三板创新层或基础层继续交易，这与沪深交易所的退市流程不同。沪深交易所的上市来源面向全国符合条件的各类企业，其与场外市场（如新三板）的转板联系不如北交所这般紧密和制度化。
