北交所股票交易服务费由券商佣金、交易所经手费、过户费、印花税四部分共同构成，交易所经手费按成交金额0.125‰双向收取，过户费按成交金额0.01‰双向收取，印花税按成交金额0.5‰仅卖出单边征收，券商佣金上限为成交金额3‰，双向收取，单笔不足5元按5元收取。整套收费体系分为交易所固定规费、登记结算费用、券商服务佣金以及国家征收的印花税，其中交易所和登记结算机构的收费为全市场统一标准，只有券商佣金可以和开户券商协商调整，投资者在计算实际交易成本时，需要把四类费用合并测算，不能只参考单一费率。
交易所经手费是北交所向参与交易的市场主体收取的基础服务费，属于刚性规费，买卖双方都要缴纳，该笔费用大多由券商代为扣收。除普通股票外，北交所可转债经手费按照普通股标准减半执行，协议转让类业务同样设置对应费率，还设置了单笔收费上限，避免大额转让产生过高手续费。不少投资者容易混淆全佣和净佣模式，全佣模式下券商佣金已经包含经手费，净佣模式则会在佣金之外额外扣取经手费，两种模式下账面显示的扣费明细会出现明显区别，也是很多人算错交易成本的主要原因。
券商佣金是券商为投资者提供交易通道、行情服务、账户维护等服务收取的服务费，监管只划定最高上限，没有强制统一的最低标准。不同券商默认设置存在差异，部分券商默认佣金标准偏高，资金体量较大的交易者可以向券商申请下调佣金比例。这里需要注意5元的最低收费门槛，当小额交易时，按比例计算的佣金金额达不到5元，系统就直接按5元扣费，对于喜欢小仓位频繁做短线的投资者，最低收费会显著抬高单次交易成本，这也是北交所交易实操当中很容易被忽略的细节。
把几类费用结合实际交易场景可以更直观理解成本变化，一笔完整的买卖闭环，买入环节会产生佣金、经手费、过户费，卖出环节除这三项之外，额外加收印花税。对比沪深市场，北交所经手费费率高于主板市场，同等成交金额下，完整一轮买卖的综合交易成本会更高，高频短线交易时手续费对收益的侵蚀会更加明显。投资者完成交易之后，可以通过交割单查看每一笔扣费的分项记录，区分哪些是交易所规费，哪些是券商收取的佣金，以此核对实际执行的收费标准，避免出现费率设置与口头约定不一致的情况。
