新三板并不在上交所、深交所这类传统证券交易所内交易，它拥有专属独立交易场所全国中小企业股份转让系统，业内简称全国股转系统，这是经国务院批复设立的全国性证券交易场所，和沪深交易所属于平行的正规资本市场载体，很多投资者会混淆交易所与证券交易场所的概念，进而搞错新三板的交易渠道，同时北交所与新三板属于一体运营架构，二者交易场所相互独立但企业培育链路紧密。
全国股转系统在2013年正式揭牌落地，由全国中小企业股份转让系统有限责任公司全权运营管理，市场内部划分为基础层与创新层两个层级，此前新三板设立的精选层在北交所成立后完成整体平移升级，不再属于新三板交易范畴。挂牌在新三板基础层、创新层的企业股份，全部依托全国股转系统的专用交易系统完成转让撮合，交易模式分为集合竞价、做市转让两大类，和沪深交易所连续竞价的场内撮合模式有明显区别，交易委托、行情查看、股份交割都需要券商开通新三板专属权限，无法用A股普通股票账户直接交易。在开户门槛上基础层与创新层设置差异化资产要求，也进一步划分了参与群体，从底层规则上和交易所股票交易做出区分。
很多投资者容易把新三板和北交所交易场所混为一谈，二者虽然同属一套管理体系，由全国股转公司统筹管理，遵循一体管理独立运营的原则，但物理交易系统、交易权限、上市主体属性完全分开。北交所是法定证券交易所，企业完成上市流程属于上市公司，在北交所独立交易系统成交；而新三板的基础层、创新层企业属于挂牌非上市公众公司，股权流转依旧在全国股转系统内完成，即便新三板创新层企业满足上市条件申报北交所，完成审核后企业主体就会从新三板摘牌，切换至北交所交易所系统交易，两个市场资金与标的不会互通流转，券商账户权限也需要分别单独开通，开通北交所交易权限不能交易新三板标的，反之同理。
沪深交易所服务成熟期大型企业，北交所承接新三板培育成熟的中小企业，新三板则承担前期创业型中小微企业的股权培育、融资流转功能，三者形成阶梯式成长路径。对于普通投资者而言，理清新三板的交易场所属性，可以规避开户踩坑、交易委托失败等常见问题，同时认清挂牌和上市的本质差异，理性看待新三板标的的流动性问题，该市场整体流动性弱于交易所场内股票，价差波动相对更大，在参与前不仅要满足资产门槛，还要充分适配市场交易规则。
